In der tiefenpsychologisch fundierten Psychotherapie werden Krankheitssymptome als Folge von innerpsychischen unbewussten Konflikten angesehen. In der Behandlung sollen die zugrundeliegenden unbewussten Motive und Konflikte aufgedeckt werden und eine Auseinandersetzung mit ihnen erfolgen. Durch (kognitive und emotionale) Einsichten in diese Zusammenhänge sollen Veränderungen im Erleben und Verhalten erreicht werden. Dazu ist eine vertiefte Auseinandersetzung mit der bisherigen Lebensgeschichte und eine reflektierende Haltung meist unerlässlich. Eine tiefenpsychologische Behandlung kann sich über mehrere Jahre erstrecken (Höchstkontingent bei Kindern 150 Sitzungen, bei Jugendlichen 180 Sitzungen).
Diese Form der Therape eignet sich besonders bei Emotionalen Störungen, Ess-Störungen und affektiven Störungen. Voraussetzung ist jedoch eine gute Reflexions- und Introspektionsfähigkeit.
Auch die tiefenpsychologisch fundierte Psychotherapie kann als Gruppentherapie angeboten werden.